Все программы работают. Кто то пользуется apt, кто то synaptic, я всегда пользовался aptitude, но советую apt, так как пишется короче. Так или иначе в synaptic пакеты выделяются по клику правой кнопки и там ищите нужное действие. Далее "Принять", такая кнопочка вверзу и смотрим что к проотцам отправится. Все, ваша проблема решена.
На будущее: в сложных задачах не пользуйтесь apt, aptitude лучше "разруливает" зависимости и решает проблемы. Да и синтаксис у него немного проще.