напиши простенький скрипт, который выполняет cp из ~ всего, что начинается с точки, куда-нибудь в другую локацию. а можно вместо cp в tar.gz закатывать, например. скопируй его в /usr/bin и дай чмоды на запуск - вот тебе "программа для сохранения..."
простой пример:
#!/bin/bash
mkdir /sone/location/config_$(date +%Y_%m_%d) 2> /dev/null
cp ~/.* -uRv /sone/location/config_$(date +%Y_%m_%d)
где /some/location - путь, куда сохранять все это.
сохраняешь текстовым файликом в usr/bin, обозвав, к примеру, conf-backup, chmod ему 755. радостно пишешь в консоли "conf-backup" или как там еще и наслаждаешься! делов-то! а то люди тут обижают друг друга из-за пустяка