зашёл в консоль через Ctrl+Alt+1
Не надо туда заходить, хватит и в меню на панели найти приложение терминал, или консоль, что-то типа того. Не знаю как в гноме это называется.
А ещё проще (смотря кому конечно, но в этом случае) открыть наутилус, включить отображение скрытых папок, перейти по указанному пути и удалить этот файл (/home/имя_пользователя/.config/menus/applications.menu).