Не важно, прозрачный прокси или не прозрачный, если прокси будет допускаться в инет, то и все остальные проги будут, разделения-то по приложениям нет, как я понял %(
Другой вопрос - можно сделать, чтобы все проги видели дефолтовый гейтвэй на eth0, а прокси и тундроптица - ppp0?