Когда случилось подобное я переставил систему, рабочим было ядро 2.6.31-15, а после обновления 2.6.31-16 соответственно
Все равно собирался диск переразметить, потому не особо расстроился, и разбираться не стал, хотя система отказывалась воспринимать диск с корневым каталогом, сообщила, что смонтировала ramfs, предоставила минимум команд, на этом все закончилось, подумал, что проблемы таки с хардом.
С диском я отработал, поставил СУСУ, настроил, немного постучав отверткой в бубен, а потом поставил Ubuntu 9.10. Ну здесь все как всегда, доставил языковые пакеты, выбрал самый быстрый репозиторий, и как всегда решил обновиться через менеджер обновлений, после обновления в ГРУБом меню выбрал, новое ядро (опять 2.6.31-16) - "из конверта вылетала свернутая в несколько раз газета". Устояло соответственно меню загрузки, СУСА, а Ubuntu так же смотри выше. Под СУСОй протестил раздел Ubuntu - ошибок не нашел; попробовал загрузить Ubuntu с 2.6.31-14 ядром - всё в полном порядке, решил найти на форуме соратников по багу.
Лиса захотела плагина, я конечно не смог ей отказать и дал ей поговорить с синаптиком. И вот синаптик-то как раз и обделся, попросил выполнить из терминала
sudo dpkg --configure -a
по мере выполнения каких-то манипуляций прозвучал вопрос, обновлять ли груб или пусть живет? - я сказал пусть живет старым и не красивым, далее вопросов у службы управления пакетами не возникало, она с честью отработала.
Про плагин к лисе я забыл, и мигом перегрузился, с новым ядром, - всэ працюе.
Может этот опус поможет кому-нибудь найти логику в баге с обновлением