в этой самой ~/.config/menus могут быть файлы с именем "applications.menu.undo<номер>". это резервные копии файла. выбери последнюю по дате (и нормального размера, а не ноль байт или там полтора) и переименуй ее в "applications.menu". у меня когда был косяк с менюхой - помогло.
если не прокатит - попробуй снести конфиги гнома. удали папку "~/.gnome2", хуже уже не испортишь. перезагрузись и, возможно, увидишь дефолтный рабочий стол.
радикальный вариант - переустановка гнома, но сам никогда не занимался, поэтому не в курсе