Синаптик не всегда находит
Если через текстовое поле в панели инструментов, то да. А вот через кнопку "Найти" (что рядом с этим полем) всегда находит. Почему так, понятия не имею (юзаю текстовое поле лишь для лучшей фильтрации (коли нужно) найденного кнопкой"Найти").
apt-cache search ключевое_слово, а потом смотрим имя пакета и удаляем его.
apt-get remove имя
Тоже можно. Но это для любителей консоли (относится ли к таковым топикстартер, я не знаю).
если из исходников, то можно еще make uninstall
Небольшое уточнение, папка с исходниками, и с уже скомпилированной прогой (папка с исходниками в состоянии "после комманды make install")) доолжна присутствовать. Если ее удалили, то, сначала, нужно заново все скомпилировать (иначе не удалишь), но, под конец, сделать не make install, а, именно, make uninstall.