Здесь видно, что всё, кроме 8080, 443, 563, 873, 21, 70, 210, 280, 448, 591, 777, 631, 873 и 901 портов, идут мимо сквида и NAT'ятся. Но из-за того, что ты не показал вывод iptables -L -vn я не вижу цепочки FORWARD, где может резаться этот траффик. Первое, возможное решение, которое вырисовывается, это попробовать завернуть 8443 на сквид. Т.е.:
sudo iptables -t nat -A PREROUTING -s 192.168.1.0/24 -j REDIRECT --to 3128
Если не прокатит, то удалить правило можно с помощью той же команды, но вместо -A нужно написать -D. А если прокатит, тогда нужно найти, где правила iptables подгружаются и вставить туда, т.к. то, что мы конфигурируем это всего-лишь тюнинг настроек фильтра на лету и будет работать до перезагрузки.
зы. Конфиг конечно не фонтан.