Обрати внимание на структуру каталога с настройками /etc/apache2. Особенно на каталоги sites-available и sites-enabled. Так вот. В sites-available хранятся файлы с настройками виртуалхостов, а в папке sites-enabled - симлинки на файлы-настроек. Создай в sites-available файлик с именем domain.ru(для удобства я всегда их называю по основному имени домена) со следующим содержанием:
<VirtualHost *:80>
ServerName domain.ru
ServerAlias www.domain.ru
DocumentRoot "/home/user/domain.ru"
</VirtualHost>
После, дай команду sudo a2ensite domain.ru и в папке sites-enabled появится симлинк на этот файл с настройками. Затем перегрузи апач. А, если поднимал DNS и все имена резолвятся через него, то в хостс ненужно ничего прописывать.