так ведь при переустановке винды диск-то, небось, форматнул? соответственно, ююид у него поменялся.
после восстановления гроба делал update-grub? ежели нет, то сделай, пущай подцепит новый ююид. очень вероятно, что этим дело и ограничится.. ну а нет - будем думать дальше