Хэширует прога файлы только когда что-то новое в шаре появилось. И при этом хеширует только новые и быстро. Поэтому загрузка проца связана не с этим. Иногда бывает, что NTFS-3g начинает глючить при большой нагрузке на NTFS раздел. Загрузка проца сразу взлетает и держится до конца закачки. Ну и потом после окончания закачки, пока перемещает файлы из темповской папки в целевой раздел.
Так что совет, темповскую папку делать на линуксовом разделе. Тогда проц будет грузиться только после окончания закачки, но недолго, пока переместит файлы по назначению.