Основные программы в Ubuntu работают на зависимостях от GNOME. Могу точно сказать: те программы, которые работают в Ubuntu, работают и в Xubuntu. Но лучше искать программы без многочисленных зависимостей.
Скажем, вместо Guake (всплывающий терминал на манер консоли в Counter Strike) лучше ставить Tilda (но это тебе кто угодно скажет).
Проще говоря, если есть более лёгкий аналог, который тебе подходит, лучше ставить его.
Комплекты работают на GTK, поэтому темы для GTK работать будут наверняка. =)
Xubuntu в принципе является Ubuntu с установленным на него по умолчанием Xfce. Многие "тяжёлые" программы (скажем, gedit) заменены лёгкими аналогами.
Debian - предок. Изучать его для успешной работы не нужно.
Какие именно программы тебе нужны? Спрашивай на форуме и в IRC (видел программу Xchat?), подскажут.