Первое -- проверить, подключены ли репозитарии. В Debian если на момент установки нет подключения к интернету, то установщик комментирует все строки в sources.list
Затем
sudo apt-get update && apt-get upgrade
Кажется (не помню точно) список программ идет отдельными пакетом, и его нужно обновить.
Если не работает (тогда не знаю, почему), а ставить из гуя нужно, то
sudo apt-get install gnome-app-install