Или man gnome-screeshot
Подробнее: Чтобы снять всяческие popup'ы нужно заранее "взвести" программу-скриншотер, в установленном по умолчанию gnome-screenshot это делается так:
gnome-screenshot -d 10
Где 10 - задержка в секундах перед снимком. Затем нужно вызвать нужный popup и ждать....