Я в кроне ежедневно запускаю архивирование и шифрование писем и настроек kmail с помощью gpg (с последующим выкладыванием зашифрованного архива на Ubuntu One).
В принципе ты можешь gpg запускать из PHP. Единственный недостаток: смысл не очень большой. Если для расшифровки данных всё необходимое доступно на том же компе где эти данные лежат, то от шифрования толк нулевой.
В любом случае вот мой cron task:
vestnik@vestnik-laptop:~$ crontab -l
# m h dom mon dow command
30 20 * * * cd /home/vestnik; tar -cf - .kde/share/apps/kmail .kde/share/config/kmailrc | gpg --compress-algo bzip2 --output "Ubuntu One/kmail_backup.tar.gpg" -r vestnik@ngs.ru -e --yes
Если сами данные хранятся на одном серваке, а твоё приложение работает на другом сервере, доступаясь до файлов по сети и при этом файлохранилище менее надёжно чем веб сервер, то такое решение будет достаточно надёжным.