Попробуй
sudo sh -c "cat proftpd.conf > proftpd_copy.conf"
Подозреваю, что в том варианте который запускал ты, только cat запускался с привелегиями другого юзверя, а перенаправление потока stdout в заданный файл делала командная оболочка из которой ты сие запускал. Оная же работает с правами обычного пользователя.