Какая связь между uTorrent и Transmission? >.< И при чём тут IPv6, который в диком виде не встречается вообще?
Провайдер наверняка режет UDP торрент трафик (так называемый uTP, настолько тупо спроектированный, что при ухудшении канала убивает его ещё больше), и правильно делает.