мда... Ну удалили базу мускула, с кем не бывает... Ну хочет Ubuntu при всех телодвижениях с мускулом наличие его базы... А проглядеть бегло маны по самому мускулу не пробовали ? там ведь не только команды старт-стоп водятся...
Алгоритм действия следующий:
- проверяете корректность конфигурационного файла my.cnf, и то, что он у Вас только ОДИН - последнее связанно с тем, что мускул может читать конфигурационный файл из 3-4 мест в системе (как минимум из /etc/ и каталог с БД)
- при НЕ работающем mysql ПОЛНОСТЬЮ вычищаете каталог с базами (и тот, который "из каропки", и тот, в котором "хотели шоб лежало")
- внимательно смотрите в ман mysql и находите там волшебную команду - mysql_install_db
- стартуете mysql и убеждаетесь в его работоспособности
... после чего можете сносить, переставлять, все что душа требует ...