Он и проведёт синхронизацию. Но смотри:
диск1: синхронизирован
диск2: синхронизирован
выключаем, отсоединяем диск1, включаем
диск1: синхронизирован так был таков на момент выключения, и сейчас отключен
диск2: синхронизирован так как включен, а диск1 отсутствует
записываем на массив файл1
пока всё нормально: если подключить диск1 и включить, mdadm заметит рассинхронизацию диска1 и ссинхронизирует его с диска2
но мы пойдём другим путём:
выключаем, подключаем диск1, отключаем диск2, включаем
диск1: синхронизирован, так как включен, а диск2 отсутвтвует
диск2: синхронизирован, так как был таков на момент выключения, а сейчас выключен
записываем на массив файл2
заметим, что сейчас, фактически, две разные синхронизации - два диска разошлись каждый своим состоянием и не могут быть синхронизированы между собой, чисто логически
на каждом из половинок массива находится по одному файлу, которого нет на другой половинке: на диске1 есть файл1 и нет файла2; на диске2 наоборот, есть файл2 и нет файла1, свести их в единое синхронизированное состояние невозможно просто потому, что это две различные истории
представь себе, что тебя разобрали на молекулы и затем собрали в двух машинах сборки; одна копия тебя прочитала Войну и мир, вторая копия прочла Мастера и Маргариту
внимание, вопрос: какая копия правильная?
вот так и в описанном "баге"