Конечно, всё от задачи зависит, но если Интернет быстрый, и/или программ относительно немного, лучше вынести /home на отдельный раздел с RAID-ом и регулярно бэкапить только его. Паранойя, но зато вероятность потери данных асимтотически стремиться к нулю. В таком случае бэкапы может хоть cron с tar/gzip по ночам делать.
Дело в том, что все настройки программ будут храниться в ~ (/home/user), а такую копию можно практически на любом другом железе развернуть, поставив систему и программы, а потом просто "размотать" /home из бэкапа. Получается что-то вроде "машино-независимой" копии: ведь не обязательно накрывается только винт
.
Бонус 1: не надо хранить копию системных файлов, программ и библиотек.
Бонус 2: восстановить копию своей машины можно когда угодно и на каком угодно железе.
Отрицательная сторона: такое восстановление займёт больше времени, если, конечно, у тебя не 100-мегабитный канал в Интернет
.
P.S.: Между прочим, эта схема отдалённо похожа на распространённую и выстраданную офисную практику монтирования /home разделов пользовательских машин по nfs, когда бэкап делается на сетевом сервере. Если что-то происходит с машиной юзверя, берётся другой "заранее заготовленный" админом компьютер с "эталонной" системой, делается пользователская запись, разматывается /home, и через тридцать минут максимум проблема устранена... Пользователь ломает новую машину, а админ пытается реанимировать старую или идёт писать служебку на покупку новой резервной