polipo тут не для кеша запросов toonel, а должен находиться в цепочке между браузером и этим toonel, иначе действительно теряется от полипо смысл в кешировании.
А в вашей ситуации так такого решения не видно, tonnel может работать через прокси, но настроек для авторизации нет (по крайней мере не видел), может вам попробовать какой-либо соскисификатор, типа dante-client, с помощью него направить toonel на соксовый прокси (если таковой у вас имеется на сервер с авторизацией или без).