Добавлю немного от себя, будучи пользователем и САМС и ТраффПро.
САМС сам по себе умеет парсить логи, достаточно включить это в настройка веб-интерфейса. Однако же, делает он это как-то странно

Иногда начинает парсить лог кругами и насчитывает гигантский траффик. Или неадекватно реагирует на галочку преобразовывать DNS имена и перестает считать вовсе... САМС2 не пробовал, пишут, что сыроват и глюков хватает.
ТраффПро обладает, в основном, недостатками по черным и белым спискам. Во-первых применение белых списков почему-то иногда вызывает тормоза инета у пользователей. Основной же минус в невозможности гибкой настройки черных и белых списков. Сквид намного интереснее это делает.
Сам я использую связки из того и другого одновременно. ТраффПро постабильнее будет, но функция ограничения с него полностью снята в пользу сквида.