система Ubuntu 10.04 RC amd64. такая же проблема у меня и на 9.10.
mb asus a8n-e
Видео - Ati Radeon X1600, дома - Nvidia 6600gt.
AMD Athlon(tm) 64 X2 Dual Core Processor 3800+
память kingston 2x1024 ddr400
файловая система ext4, noatime пробовал
через несколько часов система начинает работать жутко медленно, см видео:
http://webfile.ru/4446413top: см аттач
при отключении эффектов (compiz), закрытии всех приложений - тормоза продолжаются, память занята на 1800 из 2000, своп на 500 из 2000 мб
помогает только перезапуск иксов.
что интересно, ситуация воспроизводится и дома, и на работе, причём и в 9.10 и в 10.04.