Если java стоит от санок, т.е. sun-java6-jre то можно jar файл запускать, как любой бинарник, если дать ему права на исполнение (chmod +x /home/alex/bot/1/2/JimBot.jar)
Другое дело, если в том каталоге есть еще необходимые файлы для запуска или файлы с данными. Да и напиши скрипт, чего уж там прыгать вокруг, раз так точно работает:
#!/bin/bash
cd /home/alex/bot/1/2
java -jar JimBot.jar
дай ему права на исполнение и пускай через него.