Была другая проблема. Вдруг ни с того ни с сего стало происходить странное: выбрал пиджин в конвертике, открыл, написал кому нуно и нажал закрыть... Пиджин завершил работу. Совсем. Сначала я не поверил и нажав на конвертик запустил пиджин еще раз и нажал закрыть. Все повторилось. Сначала забил на это и выставил в настройках пиджина показывать в трее значек. Все заработало вроде как по старому но нет типа интеграции

Закрываешь - пиджин сворачивается... Ляпота

Потом мне это надоело, стал копать. Выкопал примерно такой план действий:
1. Выставить Средства->Настройки->Интерфейс->Показывать значок системного лотка в "Никогда"
2. Активировать Средства->Модули->Показывать всплывающие сообщения используя службу уведомлений (libnotify)
Если пункта два нет в списке модулей, то делаем следующее:
sudo apt-get install pidgin-libnotifyПосле чего смотрим снова в модулях и активируем ставя галочку. Тут у мну все заработало как и раньше.
Мож кому пригодиццо.
З.Ы. При чем тут уведомления - не вкурил... И что это, баг или фича? И куда у мну умудрился деться до этого работающий пакет? Единственно что приходит на ум - недавнее обновление до версии 2.7 и последующая очистка системы.