logrotate запускается ежедневно (/etc/cron.hourly), во время, указанное в /etc/crontab
Пример (строка из конфига):
25 6 * * * root test -x /usr/sbin/anacron || ( cd / && run-parts --report /etc/cron.daily )
в 6.25 утра выполнить все задачи из /etc/cron.daily
Для удобства управления можно поставить webmin.