Посмотрите еще на scp - копирование файлов через ssh-туннель.
man scp
ИМХО ftp нужен, если вы хотите выложить файлы на всеобщее обозрение, а для таких админских хлопот лучше использовать scp. И, соответственно, обезопасить ssh - сервер поднять на нестандартном порту, с DSA-ключами помудрить и пр.