В винде лиса хранит данные профайла либо в явно указанной вами папке, либо в папке %APPDATA%\Mozilla\Firefox\Profiles (прямо такой путь и введите). В линуксах лиса хранит данные в домашней директории ~/.mozilla/firefox.
Соответственно, вы можете либо скопировать свой профайл из одного места в другое, либо вообще в Убунте запустить лису с параметром p: firefox -p, выбрать создание нового профайла и при создании указать пусть к виндовому профайлу.
Чтобы в наутилусе вводить адрес вручную, используйте сочетание ctrl+l.
Только учтите, что при использовании одного профайла двумя разными лисицами, могут быть возникать неожиданные проблемы, так что забекапьтесь.