Можно скрипт написать.
Есть такая штука, как xdotool, и одна из её функций - вывод координат мыши. Можно каждый промежуток времени брать координаты, вычитать из предыдущих, брать модуль результата и прибавлять к переменной. Будет не в метрах, а в пикселях.
Если будет время и желание, попробую написать.