Они хранятся конечно в home, но копать надо в сторону не home, а gconf. Все настройки вы найдёте там. А man gconf скажет, как сбросить значение целой ветки на значение по умолчанию. Возможно поможет просто удаление текущих настроек, ЕМНИП, там есть ветка default прямо в gconf'е.