Network Manager работает как штатное приложение, которое и разблокирует свою БД вашим паролем (который, если вы используете auto-login, само собой NM'у взять не у кого, кроме вас).
Вариант такой: использовать WICD вместо NEtwork Manager. Вариант кривой в том смысле, что не поддерживает 3G модемы и всякое такое. Вариант прямой в том смысле, что любое сетевое wifi соединение будет устанавливаться еще ДО вашего входа в систему (т.о., если там сервисом работает что-то, что требует интернет - будет щастье).
Короче, есть свои pro et contra.