Как говорится, на заборе тоже... =)
О пакетах заботится сама ОС, а точнее менеджер пакетов, который при обновлении и старую версию прекрасно удаляет и новую ставит. Хотя конечно странно, что на гетдебе висит такое предупреждение, я всегда делал "dpkg -iR /path/to/debs" и проблем не было.