Исхожу из предположения, что физических ошибок на диске нет.
Если копируется, как минимум, треть, то, скорее всего, в папке много файлов (The Bat!, например, хранит базу в одном файле, отсюда проблемы) и проблемные - только часть из них.
Можно ли скопировать хотябы один файл без ошибок? Если да, то я бы запустил копирование с параметром -v, а ошибки направил бы в лог, типа этого:
cp -v ~/откуда_копировать ~/куда_копировать 2> ~/Desktop/errors.log
Дальше смотрим, где начинаются проблеммы и, соответственно, там и копаем.
ЗЫ. Еще бы я убедился, что в целевом каталоге достаточно места