Вы выразили мою мысль.
Наверное, поддержка командной строки есть, но она никак не документирована.
ГУИ используются для настройки профилей (там море настроек), выбора директорий преобразования и собственно запуска перловского скрипта с выбранными опциями. Это удобно, но хорошо бы иметь еще утилиту для запуска из командой строки с опциями выбора:
- директории преобразования
- выходной директории
- названия профиля преобразования.
А конфигурирование профилей удобнее делать через ГУИ, а не через море опций командной строки.