Я не спец, но замечание пользователя Упс поддержу.
Для нормальной работы двух систем установите их на разные разделы (что естественно), но при этом разбейте место под Ubuntu на три части: /, /home и swap. А все данные (личные файлы) храните на совсем отдельном разделе диска с файловой системой NTFS (в Windows будет диском D). Тогда данные будут доступны из обоих систем, а лазить из под Ubuntu в системный вин-раздел (понимай "диск С") надобность совсем отпадёт и ничего там случайно не сотрёте (да, да, именно Вы, а не Ubuntu). Если ещё пользоваться в обоих системах одинаковыми программами, например Gimp, LibreOffice, Opera и т.п., то работать станет ещё удобнее. При этом закладки браузера можно синхронизировать он-лайн, или просто сохранять в виде файла (экспорт закладок) на общем HDD.
И ещё, считаете что есть проблемы на 11.04 - вернитесь на 10.10.
По поводу файлов. Какие файлы, чем создавали, чем пытаетесь открыть? Какова реакция на эти действия в каждом конктреном случае?
Кстати, перед установкой 11.04 отрезали место от виндовых разделов? А дефрагментацию перед этим делали? А то без дефрагментации данные могли и потеряться.