Так, я кажется добился такой работы gxneur в Fedora при работе в gnome-shell, которой хотелось.
Хотелось:
1. Переключения раскладки по Альт+Шифт
2. Что бы виден был индикатор текущего языка
3. Что бы работал gXneur

Рецепт счастия:
1. Взял последний gxneur (я брал из mercurial), собрал, заинсталлил
2. Переименовал /usr/local/gxneur в /usr/local/gxneur_bin
3. Создал sh-скрипт /usr/local/gxneur , поставил ему флаги execute. Тело скрипта:
#!/bin/sh
setxkbmap -layout "us,ru,ua" -option 'grp:alt_shift_toggle' & /usr/local/bin/gxneur_bin
Этим самым я заставляю gxneur увидеть 3 установленные раскладки и устанавливаю Альт+Шифт для переключения раскладки (Полный список кодов:
https://gist.github.com/Spoygg/3122226)
4. Убрал из gnome-tweak-tool ранее настроенные переключатели раскладок
5. В All-settings->Keyboard->Shortcuts->Typing переключение раскладки оставил по-умолчанию Super+Space (В принципе, можно убрать, но тогда на экране логина только мышкой можно будет переключить раскладку)
6. Установил два экстеншена для гнома
https://extensions.gnome.org/extension/351/icon-hider/ - что бы спрятать гномовский индикатор клавиатуры (если раскладки переключает xkb, то гномовый индикатор не ловит переключение и НЕ изменяет раскладку в индикаторе)
https://extensions.gnome.org/extension/495/topicons/ - что бы иконку gxneur из Notification Bar (Который появляется при подведении курсора в нижнюю часть экрана) перенести в верхнюю панель, дабы видеть какая раскладка сейчас включена. Гномовский неработающий индикатор то спрятан

Заодно, правда, туда пренеслись иконки скайпа и пустая иконка вайбера. Ну так даже удобнее

Траблшуты:
В вайбере поймал прикол, что не переключались раскладки при запущенном gxneur. Оказалось - из-за установленного шортката на переключение раскладки в gnome-tweak-tool. Убрал - все заработало как часики. Не нарадуюсь )
После всех этих манипуляций раскладка переключается и по Шифт+Альт и по Альт+Шифт (ранее я писал ,что по Шифт+Альт не происходило переключение)
Андрей, спасибо большое еще раз за эту замечательную программу!
Пользователь решил продолжить мысль 29 Мая 2014, 11:55:52:
Есть все-таки с Вайбером проблема. На Вайбер у xneur не переключается фокус ввода. Как заметил:
Писал в скайпе сообщение, потом переключился в вайбер, пишу текст в английской раскладке. Нажимаю Break - в вайбере ничего не происходит. Текст как был английским, так и остался. Переключаюсь обратно в скайп - там в поле сообщения переконвертированный текст, который я набирал в вайбере. Ну это такое, терпимо) Просто вдруг кто-то столкнется с этой проблемой, прочитает, поймет, что не одинок в этом бренном мире и ему станет немного легче
