Установил Foobnix - виндоус-подобную кодировку читает, но воспроизводит не все файлы 
А Deadbeef-ом что, брезгуешь?
Лучше него никто с кодировками не дружит.
Еще вариант Flacon-ном CUE-шки на треки порезать. Сохранять он во FLAC может, и кодировку можно выбрать. Я себе им всю коллекцию порезал. Да и удобнее так отдельными файлами, чем одним большим.
Кстати порезанное флаконом, Audacious корректно читает.