Приходят на ум две вещи.
1. Шрифт, в котором недостающая часть (кириллица, например) подставляется из другого шрифта. Примерно как описано в /etc/fonts/conf.avail/nonlatin.conf.
2. Не настроены шрифты в gtk-приложениях (например, можно сделать с помощью kde-config-gtk, как для gtk2, так и для gtk3).
Ну или комбинация 1+2.
Что можно попробовать практически.
1. sudo fc-cache -f -r
- принудительное обнуление и пересоздание шрифтового кэша
2. отрегулировать шрифты для gtk
3. временно, до выяснения выбросить тот, которым пользуешься сейчас и поставить какой-то шрифт из проверенных - Droid, Liberation, PT Sans, DejaVu, Nimbus ну и так далее.