Я в питоне не силен, поэтому могу только предположить, что надо попробовать переделать цикл
"for ff in images"
Переделать так, чтобы программе передавался список файлов в виде одной строки, состоящей из имен файлов с полными путями, разделенными пробелами и без параметра -f
Ну то есть что-то типа
s=""
for ff in images
s=s+urllib.unquote(ff.get_uri()[7:])+" "
args.extend(s)
Сразу говорю, что синтаксис это примера скорее всего с ошибками, т.к. я на питоне не пишу, но логика должна быть понятна.
Кроме того, следует убедиться, что после ff.get_uri()[7:] в имени остается начальный / (если нет, то видимо написать [6:]).
Вообще вы реализуете мою мысль добавить в меню пункт через Nautilus extension. Но в виду слабого знания питона у меня это не получилось.