zippel,
Есть небольшой трюк по восстановлению source.list и source.list.d -- основных элементов /etc/apt/:
Alt+F2 -> software-properties-gtk
Восстанавливаете все чекбоксы, стороннее ПО (если помните), ну и т.д.
И как обычно:
sudo apt-get update
sudo apt-get install --reinstall apt
UPD. Пока писал, уже, оказывается, не нужно

)