можно создать второй раздел на флешке и копировать файлы туда. для пущей защиты, закинуть файлы в архив, в котором зашифрованы даже имена файлов. а архив подсунут в музыкальный файл flac или wave.
минус этого метода: нужна поддержка второго раздела, которая в винде не гарантируется. таже будет нужно время, чтобы файлы вытащить.
обычно достаточно просто запароленный архив создать.