или авторы проги не потрудились нормально после себя прибирать. в конце концов бахнуть эту папку руками.
по рукам бабахнуть тому, кто советы такие даёт.
нормально прибирать должен пакетный менеджер, если программа из пакета установлена.
вопрос в том, что те файлы, которые добавлены руками или появились в этих каталогах позже, не удаляются автоматически - их нет в списке /var/lib/dpkg/info/<package_name>.list
удалять можно только то, в чём уверен или добавлял сам.