Мне тоже кажется, что это в Убунте (точнее в Гноме), что то намутили.
У меня из трех компов только на одном проявляется проблема со стартом xneur при запуске системы - на том, у которого включен автологин. Т.е. впечатление такое, что xneur стартует раньше, чем Гном применяет к системе свои настройки клавиатуры. Буду сегодня разбираться, а пока могу посоветовать в автозагрузку добавлять не сам xneur или gxneur, а скрипт
#!/bin/bash
#
sleep 10
gxneur