Обновите из PPA unstable программу. По идее, зависон должен уйти. Сделал следующее - как только фокус с приложения ушел, то пока новое приложение в фокусе не появится, xneur перехватывать клавиши и мышь не будет.
Но, требуется тестирование!!! Может, я там дурака свалял.