Я пока что не встречал материнку совсем без com-порта, он бывает не выведен на задние разьемы, но на плате присутствует, ну во всяком случае на "нормальной" материнке, с itx и тому подобными пока что дела не имел. И пульт можно прикрутить уж точно абсолютно любой хоть от вентилятора, хоть от синхрофазотрона, включение от com порта тоже возможно. Вообще проблема дистанционного включения компа меня одно время волновала, даже купил приемник IRLinc и пользовался около года, думаю это наиболее перспективный путь - полная эмуляция клавиатуры, теоретически и с мышью тоже самое можно проделать.