Чтоб форматировать в ntfs нужно установить доп. пакетик, не помню какой, права определяются опциями монтирования и от fat не зависят, см. поиск по форуму, ext4 ничуть не хуже ext3, возможно даже лучше, у самого где-то гигов 900 из полутора тысяч живёт под ext4, остальные просто возможности перевести нет на эту ФС - данными заняты))
Короче, я бы рекомендовал ext4 - дешёво и сердито.
P.S. Ntfs не совсем гладко работает в Linux, часто жалуются на скорость и загрузку проца драйвером ntfs-3g, да и вообще, ntfs нифига не поддерживает ни права на файлы, ни пользователей UNIX, так что, ИМХО, смысла в ней в чистой Linux среде - примерно 0)