Для неверующих чукчей: через диспетчер задач отдайте только одно ядро программе. Получите именно то, что и должно быть: одно ядро 100% загрузка, остальные - ноль. Опять же: 50% это общий датчик на все ядра, емнип. Надо смотрее подробную инфу по всем ядрам в диспетчере задач.
Возьмите старый П4 с гипертредингом и включите его (HT) - ядро одно, однако проц будет загружен на 50-55%. Колдунство что ли?
Так что эти проценты просто по разному показываются в Linuxе и в винде. Ни больше, ни меньше.
Если вы напишете диспетчер или еще какую-нить лабуду, которая будет распараллеливать однопоточные приложения (с соответствующим увеличением производительности/уменьшением времени выполнения), я уверен, что вас мелкософт, оракл, сан и прочие с радостью возьмут на работу
