Меня в Windows, в своё время, раздражало, что когда из-за какой-нибудь программы, например, старой игрушки, меняется разрешение, то мало того, что значки становятся огромными, смещаются по экрану и вообще норовят вылести за его пределы, так ещё и не восстанавливаются на свои законные места при возврате разрешения к прежнему рабочему. Даже приходилось программу специальную ставить, которая висела в трее, и запоминала расположение значков на рабочем столе. Сохранение происходило либо автоматически, через определённые промежутки времени, либо принудительно, через меню программы. Восстановление порядка - только принудительно.
В Ubuntu я такой проблемы не наблюдал.
А ТС, насколько я понимаю, заботиться о первоначально-верной установке. Я, в принципе, с ним согласен, но расхожусь во мнениях по концепции фактической реализации: что сначала - верные технические параметры или восприятие человеком? И сколько свободы оставить пользователю? От этого будет зависеть метод реализации, и, соответственно, конечный результат. Это тот случай, когда перестановка слогаемых приведёт к разному результату.
И, повторюсь, c Ubuntu я пока проблем не вижу. А реализация предложения ТС упирается в два аспекта: насколько котролировать пользователя и как это вообще реализовать чисто технически?
А можно сделать проще - оставить в системе всё как есть и, наконец, научить людей ставить правильное разрешение для каждого монитора (создавая для каждого монитора новый "профиль"), а внутри этого профиля указывать удобный размер шрифта в dpi. А так же пользоваться "Масштабом" в конкретных приложениях.