Denis Konstantinov, здравствуйте.
Использую altyo уже больше года, было несколько проблем, которые вы пофиксили после того как я их зарепортил, и все работало замечательно на Linux Mint 13 MATE. Какая именно тогда была версия altyo я не помню, и больше ее не обновлял, т.к. меня все устраивало.
После того, как поставил Linux Mint 17.1 MATE и altyo 0.4_rc17-linvinus1, начались новые проблемы: иногда терминал пропадает "навсегда", т.е. до тех пор, пока я его не прибью и не запущу заново. То есть, когда я жму хоткей (у меня F12, если это имеет значение), то текущее окно теряет фокус (очевидно, его получает altyo), но терминала не видно. Нажму хоткей снова - предыдущее активное окно снова получит фокус. Я всегда работаю в tmux сессии, и если я в таком "невидимом" терминале что-то напечатаю, затем прибью его, затем запущу снова и подключусь к tmux-сессии, то там будет то, что я там печатал в невидимом терминале. Так что все кроме изображения продолжает работать.
Более-менее стабильно воспроизводится, если несколько раз подряд интенсивно показать-скрыть терминал с включенной анимацией или в full-screen режиме. Но довольно часто этот глюк воспроизводится и в "обычном" режиме использования, и это сильно напрягает

Поставил галку Debug, запустил altyo из другого терминала, вот лог:
http://vpaste.net/izl9s последние несколько циклов показать-скрыть уже были произведены с "невидимым" терминалом.
Буду рад, если сможете помочь. Спасибо.