тогда вот что... если есть список только пакетов, установленных на чистую систему (как я выше предлагал, путем сравнения списков на рабочей системе и на чистой), то можно заюзать что-то вроде
гм... нет... уже составил было крокодила из for, while и пр., но нет же... dpkg -L ejabberd, к примеру, кажет папку /etc/ejabberd, но не кажет /etc/ejabberd/ejabberd.cfg в ней (видать, создается потом, при запуске или postinst'ом). если бэкапить только показанные файлы, туда не войдет много хорошего. если по папкам - туда пойдут в полном составе /etc/default, /etc/init.d и пр. в приницпе, это не так уж плохо, наверно... а с другой стороны, потом решишь не ставить какой-нибудь пакет, а в init.d и в ранлевелы накидается от него старт-стоп-скриптов... в общем, если уверен в своем будущем, то вариант такой: dpkg -L для каждого пакета, оттуда grep'ом выбираем все "/etc/.*" и копируем/пакуем/по вкусу. в итоге получаем бонусы в виде настроек клавиатуры/локали/таймзон/etc, но не трогаем упомянутый фстаб и некоторые настройки дефолтных пакетов. как-то так